明朝后期，女真首领努尔哈赤建立了后金汗国。历史学者经常将后金汗国的历史视为清朝的一部分。虽然努尔哈赤最初未必有夺取中原的幻想，但随着明朝和后金汗国的实力变化，清朝方面的自我定位也在不断变化。
努尔哈赤建国之战当推萨尔浒之战。在这场战争中，后金汗国消灭了前来讨伐的明军，让明朝在很长时间内失去了主动进攻后金汗国的本钱。但总体来看，后金汗国对于明朝依旧是个边患，因为明朝依旧掌握着辽东等大城市。如果不是明朝内部出现问题，努尔哈赤未必能够达到当年瓦剌首脑的高度。
然而，在魏忠贤主政期间，后金汗国野蛮生长，夺取了沈阳、金、复、海、盖等州，并纳入后金版图。这是魏忠贤的助攻之下，努尔哈赤的成就也有了新高度。对于明朝来说，后金汗国成为了一个前所未有的边患，生态位相当于唐朝时期的高句丽，北宋时期的西夏。在这种情况下，努尔哈赤并不一定会有夺取中原的幻想。
努尔哈赤去世后，皇太极成为了后金汗国的新大汗。此时，明朝发生了江山易主：天启帝驾崩，崇祯帝继位。崇祯帝上台以后，打算纠正之前天启朝的一系列失误，比如流民现象、吏治腐败，以及关外的后金汗国做大。但是在魏忠贤的折腾下，明朝的基层吏治已经瘫痪，崇祯帝的一切指令都无法落地。而此时的后金汗国实力已经很大了，甚至袁崇焕也表示要“五年平辽”，但其实这只是安慰皇帝而已。言下之意就是后金汗国已经很强大了。
在皇太极进行体制改革以后，清朝方面习惯称呼明朝为南朝，而明朝也有人将清朝称为北廷。明清的关系从类似北宋—西夏这样的关系，转变成了类似南北朝的关系。双方都不对彼此具备碾压性优势，所以可以保持对峙。
皇太极去世后不久，崇祯帝也在农民起义的冲击下自杀。明朝大将吴三桂因为不满李自成的统治，于是请清军入关打击李自成。在这之后，南明的弘光朝廷正式开张。当时南明对清军存在惧怕心理，甚至幻想清军能被南明朝廷收买，在消灭李自成以后，撤出关外。而清朝当时实际上的最高话事人多尔衮其实一开始也认为清朝只能扩大北方边境，而不能攻打南明。但随着时间的推移，南明朝廷政治腐败、军队士气低落，清军也逐渐认识到南明已经没有实力与之抗衡。最终，清军进攻南明，南明朝廷在1644年灭亡，清朝建立。
明朝和后金汗国、清朝之间的关系是复杂的，历史也充满了变数。后金汗国在明朝后期的确对明朝造成了威胁，但努尔哈赤并不一定有夺取中原的想法。随着时间的推移，后金汗国逐渐强大，清朝也在政治、军事、经济等方面逐渐崛起。最终，清朝取代了明朝，成为我国历史上的一个重要王朝。
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